Perpignan est une des premières villes en France à se doter d’un archéologue municipal, en 1946.
Le Centre archéologique organise et gère les fouilles programmées sur le site, prépare les publications, traite et conserve les objets issus de la recherche. Il permet également aux autres chercheurs de trouver les données nécessaires à leurs travaux. On y trouve une salle de réunion, des bureaux, un laboratoire, des réserves.
Le Centre gère également le dépôt archéologique où sont entreposés les documents issus des fouilles, soit plus de 2500 tiroirs représentant plusieurs tonnes d’objets. Il organise avec le CNFPT des stages de conservation préventive en archéologie.
Outre les recherches sur Ruscino, le Centre Archéologique Rémy Marichal participe à des programmes de recherche extérieurs (CNRS), à des cycles d’enseignement universitaire, reçoit des chercheurs, des stagiaires et des étudiants. Il travaille en relation avec d’autres centres archéologiques, comme celui de Lattes (34). Les programmes en cours concernent l’étude du mobilier archéologique des silos du 2ème âge de fer, le forum et l'architecture antique, l’habitat urbain de la cité romaine, l'occupation du haut moyen Age etc... Les sujets sont trés variés puisqu’ils concernent les vestiges de plus de seize siècles d’occupation humaine concentrés sur quelques hectares.
Les stagiaires et chercheurs peuvent être hébergés à la maison de fouille, sur le site même.
Le centre archéologique conçoit des ateliers pédagogiques originaux à destination des scolaires, avec le service éducatif du patrimoine.
Le Groupe APS, regroupant des spédialistes de nombreuses disciplines, ingénieurs, architectes, sismologues, géologues historiens, archéologues, spécialisés dans l’identification et les études des effets des séismes dans le bâti ancien. (Archéosismicité).
L'association CIRCE- les Amis du Musée, qui participe aux fouilles et aux recherches sur le site.